برخی از ساختارهای سازمانی، به‌طور ذاتی زمینه‌ساز بروز و تشدید ناکارآمدی کلی فرایندها هستند. در حالی که هیچ ساختاری به‌تنهایی «بد» یا «خوب» نیست، تطابق نداشتن آن با ماهیت فرایندها می‌تواند فاجعه‌بار باشد.
در این ساختارها که بر اساس تخصص (مالی، فروش، تولید، منابع انسانی) شکل گرفته‌اند، هر دپارتمان اهداف و معیارهای عملکرد مستقل خود را دارد. این موضوع باعث می‌شود که مالکیت فرایندهای بین‌واحدی از بین برود و دست‌به‌دست‌های متعدد، تأخیرها و عدم شفافیت در مسئولیت‌ها ایجاد شود. در چنین محیطی، هر واحد سعی می‌کند «کار خودش را» به بهترین شکل انجام دهد، حتی اگر این کار به قیمت ناکارآمدی کل سیستم تمام شود. برای مثال، واحد فروش ممکن است برای تحقق هدف فروش خود، سفارش‌هایی را بپذیرد که تولید توانایی انجام آن‌ها را ندارد و این موضوع به تأخیر در تحویل و نارضایتی مشتری منجر شود.
ساختارهای ماتریسی اگرچه انعطاف‌پذیری بیشتری دارند، اما اگر حاکمیت فرایندها در آن‌ها به‌درستی تعریف نشود، می‌توانند منجر به سردرگمی در اولویت‌ها، تضاد در منابع و افزایش زمان چرخه شوند. در این حالت، کارکنان ممکن است از چندین مدیر دستور دریافت کنند و در نهایت، هیچ‌کدام از فرایندها به‌طور کامل و یکپارچه پیش نروند. این وضعیت به‌ویژه در سازمان‌های پروژه‌محور که چندین پروژه به‌طور موازی اجرا می‌شوند، بسیار مشهود است.
ساختارهای تخت که با کاهش سلسله‌مراتب، سرعت تصمیم‌گیری را افزایش می‌دهند، اگر با تعریف شفاف مسئولیت‌ها همراه نباشند، می‌توانند به هرج‌ومرج و سردرگمی منجر شوند. در این حالت، ممکن است هیچ‌کس خود را مسئول حل مشکلات بین‌بخشی نداند و ناکارآمدی در نقاط اتصال فرایندها تشدید شود.
