در میانه‌های سدهٔ هفتم هجری، همزمان با فروپاشی تدریجی امپراتوری یکپارچهٔ مغول، در گوشه‌ای از خراسان بزرگ و مرزهای شرقی ایران زمین، گروهی جنگجو شکل گرفت که نامشان با گذر زمان از نام یک فرماندهٔ بلندپرواز به یک قوم و یک تهدید بزرگ برای سرزمین‌های پیرامون بدل شد. هستهٔ نخستین این گروه به نوین نیکودر بازمی‌گردد؛ امیری مغول که در دربار ایلخانان اباقا خدمت می‌کرد و فرماندهی بخشی از نیروهای مستقر در اران و گرجستان را بر عهده داشت. نیکودر از خاندان سلطنتی نبود، اما از میان نوین‌های پرنفوذی برخاسته بود که در لشکرکشی‌های هلاکوخان به ایران شرکت داشتند و زمین‌هایی در قفقاز دریافت کرده بودند. پس از مرگ هلاکو و به تخت نشستن اباقا در سال ۶۶۳ قمری، اختلاف‌های کهن میان شاخه‌های مختلف خاندان چنگیزخان دوباره بالا گرفت. براق، فرمانروای جغتایی، ادعای مالکیت بر بخش‌هایی از خراسان و ماوراءالنهر داشت و در صدد تصرف این مناطق بود. نیکودر که از سیاست‌های مالیاتی اباقا و فشار بر امرای نظامی ناخرسند بود، در سال ۶۶۸ قمری همراه با چند امیر دیگر از جمله تگودار (نه ایلخان بعدی، بلکه امیری از اردوی اباقا) سر به شورش برداشت و در گرجستان علم طغیان برافراشت. شورش آنان در ابتدا رنگ و بوی اعتراض به دیوانسالاری ایلخانی داشت، اما به سرعت به جنگی داخلی تبدیل شد.
اباقا که در آن زمان با تهدید مرزهای شمالی از سوی اردوی زرین و همچنین دسیسه‌های براق در شرق روبرو بود، دسته‌ای از سپاه وفادار خود را برای سرکوب نیکودر گسیل داشت. نیکودر که می‌دانست توان رویارویی مستقیم با ارتش اصلی ایلخان را ندارد، تصمیم به ترک منطقه گرفت. او با جمع‌آوری جنگجویان تحت فرمانش که عمدتاً از قبایل مغول، ترک‌های قنقلی، خلج و برخی عناصر بومی گرجی و ارمنی تشکیل می‌شدند، به سوی جنوب شرقی حرکت کرد. مسیر او از کناره‌های غربی دریای کاسپین به ری و سپس به سوی سیستان بود. در این حرکت طولانی، گروه‌های پراکنده‌ای از چادرنشینان مغول که از نظم ایلخانی ناراضی بودند و نیز جنگجویان فراری از لشکرکشی‌های ناموفق به هند، به او پیوستند. این جماعت که به تدریج به «نیکودریان» یا «نگودریان» شهرت یافتند، دیگر نه یک اردوی نظامی صرف، که یک اجتماع قبیله‌ای در حال حرکت بودند که زنان، کودکان و احشام را نیز به همراه داشتند. آنان از مسیر کویر لوت و زمین‌های خشک سیستان عبور کردند و سرانجام در مناطق مرزی میان خراسان جنوبی، سیستان، زابلستان و دامنه‌های غربی کوه‌های سلیمان جای گرفتند. این منطقه که بعدها هستهٔ قلمرو قراؤناها را تشکیل داد، سرزمینی کوهستانی با دره‌های صعب‌العبور و آبادی‌های پراکنده بود که امکان زندگی چادرنشینی و همزمان دسترسی به غنایم سرزمین‌های آبادتر مانند غزنه، قندهار و درهٔ سند را فراهم می‌کرد.
نیکودر خود در میانهٔ این جابجایی بزرگ درگذشت، یا بنا بر برخی گزارش‌ها در یک زد و خورد مرزی با سپاهیان محلی کشته شد. اما افسران و جانشینانش، که حالا خود را وارث فرماندهی این مجموعهٔ رنگارنگ می‌دانستند، ساختار فرماندهی را حفظ کردند. لقب «قراؤنا» که در منابع آن دوره به معنای «دورگه» یا «آمیخته» به کار می‌رفت، به همین نیکودریان اطلاق شد، زیرا در چند نسل با بومیان آریایی‌تبار، پشتون‌ها، بلوچ‌ها و بازماندگان خوارزمشاهیان درآمیختند و گویش و برخی سنت‌های محلی را پذیرفتند. اینان مغول‌هایی بودند که به تدریج زبان فارسی دری را با لهجه‌ای متأثر از ترکی و مغولی تکلم می‌کردند و ساختار قبیله‌ای خود را با شرایط تازه تطبیق دادند.
در فاصلهٔ سال‌های ۶۷۰ تا ۶۸۰ قمری، نیکودریان به صورت گروه‌های سوارهٔ سبک‌اسلحه اما بسیار متحرک، شروع به تاخت‌وتاز در مسیرهای کاروانروی میان خراسان و هند کردند. آنان از شکاف قدرت میان ایلخانان، سلاطین دهلی و ملوک محلی نهایت بهره را می‌بردند. وقتی براق در سال ۶۶۸ به خراسان تاخت و از اباقا شکست خورد، بسیاری از سربازان جغتایی زخم‌خورده و فراری به جای بازگشت به ماوراءالنهر، به کوهستان‌های غزنه پناه بردند و جذب جماعت نیکودریان شدند. اینچنین، جمعیت آنان افزایش یافت و خطرشان دوچندان شد.
نخستین تهاجم بزرگ نیکودریان به قلمرو سلطنت دهلی در دوران سلطان غیاث‌الدین بلبن روی داد. بلبن که از قدرت‌گیری این دزدان مرزی به شدت نگران بود، مرزهای شمال غربی هند را با زنجیره‌ای از دژها و پادگان‌ها مستحکم کرد. او فرزند ارشد و ولیعهد خود، شاهزاده محمد خان، را مأمور دفاع از پنجاب و سند کرد. محمدخان که به شجاعت و تدبیر شهرت داشت، در لاهور و مولتان مستقر شد و چندین یورش پراکندهٔ نیکودریان را دفع کرد. اما در سال ۶۸۴ قمری، یک نیروی بزرگ نیکودری به فرماندهی امیری به نام تیمورخان (نه تیمور لنگ، بلکه یک سردار نیکودری) از گذرگاه‌های کوهستانی وزیرستان به سوی درهٔ سند سرازیر شد. محمدخان با وجود هشدارهای پدر مبنی بر انتظار برای رسیدن نیروی کمکی، با شتاب به مصاف آنان رفت. در نبردی که در نزدیکی رود جهلم یا چناب روی داد، سپاه دهلی در محاصرهٔ کمان‌داران سوارهٔ نیکودری گرفتار آمد. محمدخان با دلیری جنگید، اما سرانجام زخمی مهلک برداشت و همراه با بسیاری از سربازانش کشته شد. مرگ ولیعهد ضربه‌ای هولناک به بلبن سالخورده بود و راه را برای حملات بعدی بازتر کرد.
پس از مرگ بلبن و در دوران ضعف جانشینانش، نیکودریان به تدریج از کوه‌های سلیمان پایین‌تر آمدند و در مناطقی مانند کوهات، بنو، دیره اسماعیل‌خان و دیره غازی‌خان مستقر شدند. آن‌ها به زودی متوجه ضعف دفاعی گجرات و سواحل مکران شدند و این آغاز پدیدهٔ «دریگری» یا دزدی دریایی نیکودریان بود. تا پیش از آن، این جماعت صرفاً سوارکارانی بودند که در خشکی غارت می‌کردند، اما تماس با سواحل بلوچستان و مشاهدهٔ کاروان‌های کشتی‌های تجاری که از هرمز، قلهات و مسقط به سوی سومنات، کمبایه و بروج در گجرات در حرکت بودند، ایدهٔ تازه‌ای به آنان بخشید. نیکودریان با بلوچ‌های محلی که در خلیج‌های کوچک مکران به صید مروارید و ماهیگیری مشغول بودند، پیوند برقرار کردند و از ایشان دانش ساخت قایق‌های بادبانی سبک و شناخت جریان‌های دریایی را آموختند. به زودی پایگاه‌هایی در پسنی، گوادر، جیوونی و حتی چابهار شکل گرفت که از آنجا شناورهای تندروی نیکودری به شکار کشتی‌های بازرگانی می‌پرداختند.
این شناورها که «جُلبه» یا «شوعی» نامیده می‌شدند، قایق‌هایی باریک با آب‌خور کم بودند که می‌توانستند به سرعت به کشتی‌های بزرگ‌تر نزدیک شوند و سرنشینانشان با قلاب و طناب خود را بالا بکشند. جنگجویان نیکودری زره‌های سبک چرمی بر تن داشتند و از شمشیرهای خمیده، نیزه‌های کوتاه و کمان‌های مرکب استفاده می‌کردند. آن‌ها با روش «شبیخون سپیده‌دم» به کشتی‌هایی که در نزدیکی ساحل لنگر انداخته بودند یا در تنگه‌های باریک میان جزایر حرکت می‌کردند، حمله می‌کردند. دریانوردان تجاری اعراب مسقط، پارسیان هرمز و گجراتی‌ها قربانیان اصلی این یورش‌ها بودند. کالاهایی مانند ادویه، پارچه‌های زری و ابریشم، مروارید، برده و فلزات گران‌بها به دست نیکودریان می‌افتاد و در بازارهای مخفی قندهار، کلات و غزنه فروخته می‌شد. شهرت شرارت و بی‌رحمی این دزدان دریایی به حدی رسید که بازرگانان هرمز برای محافظت از کاروان‌های دریایی خود ناچار به پرداخت باج‌های سنگین یا استخدام سپاهیان محافظ از قبایل عمانی شدند.
در اوایل سدهٔ هشتم هجری، همزمان با تثبیت دولت آلاخلا در دهلی و قدرت‌گیری علاءالدین خلجی، نیکودریان هم در خشکی و هم در دریا به چنان قدرتی رسیده بودند که می‌توانستند سپاه‌های منظم هندی را به چالش بکشند. در سال ۶۹۶ قمری، یکی از سرداران بزرگ نیکودری به نام قُطلُغ خواجه، که برخی منابع او را از نوادگان نیکودر یا دست‌کم از مدعیان رهبری قراؤناها می‌دانند، از گذرگاه خیبر عبور کرد و تا نزدیکی دهلی تاخت. علاءالدین خلجی که درگیر فتح گجرات و راجپوتانه بود، ناچار شد سپاهی بزرگ به فرماندهی ملک کافور و الغ‌خان را برای عقب راندن او گسیل دارد. نبرد سنگینی در پنجاب روی داد که در آن تلفات دو طرف سنگین بود. قطلغ‌خواجه در این نبرد کشته شد، اما پسرش اقبال‌مند بلافاصله جای او را گرفت و سیاست تهاجم و عقب‌نشینی سریع را ادامه داد. تاکتیک نیکودریان در این دوره چنین بود که در فصل خرمن، همچون ملخ از کوه‌ها فرود می‌آمدند، روستاها را غارت می‌کردند، هزاران اسیر می‌گرفتند و پیش از آنکه ارتش سنگین‌اسلحهٔ دهلی بتواند آنان را به دام اندازد، به دره‌های صعب‌العبور وزیرستان و سلیمان بازمی‌گشتند. اسیران در بازارهای برده‌فروشی غزنه و هرات فروخته می‌شدند و بخشی از آنان برای نگهبانی از کشتی‌های دزدان دریایی یا کار در پایگاه‌های ساحلی به مکران فرستاده می‌شدند.
در دورهٔ سلطنت فیروزشاه تغلق، نیکودریان چنان گستاخ شدند که دست به یورش‌های ترکیبی دریا و خشکی زدند. یک گروه از ایشان در سال ۷۴۸ قمری از طریق دریا به سواحل گجرات در منطقهٔ سومنات حمله کرد و پس از غارت معابد و روستاهای ساحلی، با عجله سوار قایق‌ها شد و گریخت. فرماندار گجرات که ناوگانی در اختیار نداشت، نتوانست مانع آنان شود. همزمان، گروهی دیگر از راه صحرای تار به سمت جیسلمیر و ناگور تاختند. این نخستین نمونه از عملیات مشترک دریایی-زمینی در تاریخ این قوم بود. پایگاه اصلی دریایی آنان در این مقطع، بندر کوچکی در شرق گوادر به نام «سورمیانی» بود که به دژ کوچکی با برج‌های دیده‌بانی تبدیل شده بود. از فراز این برج‌ها، دیده‌بانان با روشن کردن آتش، نزدیک شدن کشتی‌های تجاری را به قایق‌های تندرو که در خلیج‌های مخفی کمین کرده بودند، خبر می‌دادند.
نیکودریان تنها با هندوستان و هرمز درگیر نبودند. آنان گاه و بیگاه به کاروان‌های ایلخانی که از خراسان به سوی سیستان و کرمان می‌رفتند نیز حمله می‌کردند. در دوران ضعف ایلخانان پس از مرگ ابوسعید بهادرخان در سال ۷۳۶ قمری، قدرت‌های محلی مانند ملوک هرات (آل کرت)، ملوک سیستان و ملوک کرمان هر یک به تنهایی نمی‌توانستند تهدید نیکودریان را دفع کنند. این وضع به آنان اجازه داد تا قلمرو خود را به سمت شمال، تا حوالی هرات و فراه، و به سمت غرب، تا بیابان لوت گسترش دهند. برخی قبایل پشتون که از حضور این جنگجویان خارجی ناراضی بودند، با آنان وارد جنگ‌های قبیله‌ای طولانی شدند، اما برخی دیگر همچون قبایل لودی و سوری، با نیکودریان پیوند برقرار کردند و بعدها خود وارد سپهر سیاست شمال هند شدند. این آمیختگی چنان بود که در سدهٔ نهم هجری، دیگر مرز روشنی میان یک «نیکودری» و یک «پشتون شرقی» نمی‌توان کشید.
هجوم تیمور لنگ به این مناطق در اواخر سدهٔ هشتم، نقطهٔ عطفی در سرنوشت نیکودریان بود. تیمور در لشکرکشی‌های خود به خراسان، سیستان، افغانستان و هند، چندین بار با گروه‌های مسلح نیکودری روبرو شد. او که خود را احیاگر نظم مغولی می‌دانست، حاضر به پذیرش استقلال این جماعت دزد و یاغی نبود. در لشکرکشی معروف سه‌سالهٔ تیمور به ایران و ماوراءالنهر (۷۸۲–۷۸۵ قمری)، سپاهیان او دژهای کوهستانی نیکودریان را یک به یک محاصره و منهدم کردند. تیمور از سیاست قتل‌عام و تبعید برای درهم‌شکستن مقاومت آنان استفاده کرد. هزاران تن از مردان جنگی نیکودری قتل‌عام شدند و زنان و کودکان به بردگی برده شدند. اما تیمور که به ارزش جنگجویی این مردم پی برده بود، گروه‌های بسیاری از آنان را که تسلیم شدند، در ارتش خود ادغام کرد. این سربازان نیکودری بعدها در لشکرکشی‌های تیمور به هند (حملهٔ سال ۸۰۰ قمری)، آناتولی و شام شرکت کردند و غنایم بسیار به دست آوردند. بازماندگانی که در کوه‌های هندوکش و زابلستان پناه گرفتند، به تدریج هستهٔ اولیهٔ برخی اقوام هزاره را تشکیل دادند. هزاره‌ها هنوز هم در زبان و فرهنگ خود رگه‌هایی از آن گذشتهٔ مغولی-نیکودری را حفظ کرده‌اند.
در کنار هزاره‌ها، گروه‌های دیگری نیز از دل نیکودریان بیرون آمدند. طایفهٔ «ترخان» در سند و بلوچستان، که در دورهٔ گورکانیان هند از نفوذ برخوردار شدند، خود را از تبار امیران نیکودری می‌دانستند. برخی قبایل بلوچ مانند «رند» و «لاشار» نیز در حماسه‌های شفاهی خود از جنگ با «مغولان دریاپیما» یا «نگودر» یاد می‌کنند که اشاره به همین دوران دارد. کشتی‌های بادبانی سبک آنان تا مدت‌ها الگوی دزدان دریایی بلوچ باقی ماند که تا سدهٔ سیزدهم هجری همچنان سواحل مکران و دریای عمان را ناامن می‌کردند.
از چهره‌های شاخص نیکودریان در کنار نیکودر، قطلغ‌خواجه، اقبال‌مند و تیمورخان، باید به شخصی به نام «محمود قراؤنا» اشاره کرد که در منابع عصر تیموری از او به عنوان یکی از مدعیان فرماندهی این قوم در ناحیهٔ قندهار یاد شده است. محمود در سال ۷۷۰ قمری با سلطان زین‌العابدین کشمیر نیز وارد جنگ شد و گفته می‌شود که گروهی از کشتی‌های نیکودری را برای غارت سواحل کشمیر فرستاد، گرچه جزئیات این لشکرکشی دریایی در مه ابهام است. همچنین زنی به نام «آغا بی‌بی» در افسانه‌های محلی هزاره‌جات وجود دارد که برخی او را همسر یکی از سرداران نیکودری و فرمانده یک دژ کوهستانی در برابر تیمور می‌دانند. گرچه سندیت تاریخی این شخصیت چندان روشن نیست، اما روایت‌های شفاهی از مقاومت سرسختانهٔ او در قلعه‌ای در غزنه حکایت دارند.
نکودریان یا نگودریان، در مجموع، نمونه‌ای کم‌نظیر از یک گروه نظامی-قبیله‌ای در تاریخ آسیای میانه و جنوب هستند که توانستند طی چند سده، از یک اردوی شورشی مغول به یک قدرت مستقل خشکی-دریا تبدیل شوند. آنان به دلیل تسلط بر جغرافیای پیچیدهٔ گذرگاه‌های میان آسیای مرکزی و شبه‌قاره، و نیز توانایی تطبیق با محیط دریایی، نقشی در معادلات قدرت ایفا کردند که بسیار فراتر از جمعیت واقعی آنان بود. راهزنی دریایی‌شان اگرچه هرگز به اندازهٔ دزدی دریایی مدیترانه یا کارائیب مشهور نشد، اما برای بیش از یک سده نبض بازرگانی در دریای عرب را در مشت گرفت و مسیرهای دریایی ابریشم را تهدید کرد.
