وقتی ضیا الحق در تابستان 1367 مرد، جنگ ایران و عراق تازه تمام شده بود. در تابستان نیروهای مسلح ایران به‌شدت ضعیف شده بودند. صدام جهنمی به پا کرده بود، علاوه بر سلاح‌های شیمایی که روی شهرهای ایران می‌ریخت. زمستان قبل، تهران را موشک‌باران کرد و یک‌چهارم سکنه شهر را ترک کردند. صبح روز یکشنبه، سوم جولای، ناو جنگی وینسنس آمریکا پرواز مسافری 655 ایران را روی تنگۀ هرمز، پیش از رسیدن به دوبی، منفجر کرد. 290 نفر غیرنظامی در هواپیما بودند، ازجمله 66 کودک و نوزاد. هیچ‌کس زنده نماند. بدن بی‌جانشان لابه‌لای تکه‌های هواپیما در آب غوطه می‌خورد.
سخنگوی ناوگان آمریکا گفت که ناو وینسنس ایرباس اِی300 را با اف14 اشتباه گرفته است. یک ساعت قبل از حادثه، یکی از هلی‌کوپترهای ناو که روی تنگه پرواز می‌کرد مورد حملۀ یک قایق ایرانی قرار گرفته بود. آمریکایی پاسخ دادند و دو قایق ایران را غرق کردند. رئیس‌جمهور آمریکا، رونالد ریگان، گفت هیچ‌کس نمی‌تواند از وحشتناکی این حادثه کم کند و آن را «تراژدی عظیم» ولی «اتفاقی قابل درک» خواند. در سازمان ملل، ایران خواستار محکومیت شد. به‌جایی نرسید. معذرت‌خواهی هم در کار نبود. دیپلمات‌های ایرانی سرنگونی هواپیما را «تهاجمی برنامه‌ریزی‌شده و کشتار بی‌رحمانه» خواندند. ایران اعلام کرد که حتماً انتقام خواهد گرفت. چند تظاهرات ضدآمریکایی در کشور برگزار شد، ولی درکل واکنش خفیف بود. ایرانی‌ها حتی برای تظاهرات هم انرژی کافی نداشتند، ولی بیشتر از آن از عدم همدلی بین‌المللی برای این فاجعه سرخورده شدند، انگار این هم فقط هزینۀ جنگیدن بود، هزینۀ ایرانی بودن. کشور دیگر نمی‌توانست بیشتر تحمل کند. انفجار هواپیما نقطۀ عطفی برای رهبران ایران بود، ازجمله برای خمینی. ماه‌ها بود که نزدیک‌ترین افراد به وی، ازجمله پسرش، با وی بحث می‌کردند که وقت قبول کردن آتش‌بس رسیده است. می‌گفتند که پیروزی بر صدام سال‌ها خونریزی و خرج لازم دارد. حالا شاهدی آمده بود که دنیای بیرون اهمیتی نمی‌دهد چند ایرانی دیگر جانشان را از دست بدهند، چه در جنگ و چه در سقوط هواپیما. بقای رژیم و خود انقلاب درخطر بود.
خمینی در بیانیه‌ای رادیویی در 29 تير از آتش‌بس با عراق حمایت کرد. «خوشا به حال آن‌ها که به شهادت رفتند. خوشا به حال آن‌ها که جان در مسیر نور دادند. بدا به حال من که هنوز مانده‌ام و جام زهرآلود را سر کشیده‌ام». افتضاح مرگبار مکه و ناکامی مکرر خمینی در بسیج عالم اسلام برای بین‌المللی کردن اماکن مقدسۀ اسلام هنوز بر خاطرش سنگینی می‌کرد. آیت‌الله ابزار دیگری برای احیای شور انقلابی لازم داشت.
جنگی دیگر به آخر می‌رسید، در افغانستان. شوروی هم از جنگی که نه می‌توانست ببرد و نه می‌توانست ببازد خسته شده بود. به ته خط رسیده بودند، برابر پول و سلاحی که آمریکا، پاکستان و عربستان به میدان می‌ریختند کم آورده بودند. موشک‌های استینگر که توان ساقط کردن هواپیما را داشت تازه‌ترین سلاحی بود که در اختیار مجاهدین قرار گرفته بود، که توازن قوا را به هم می‌ریخت. پس از کشته شدن پانزده هزار سرباز، چند صد هزار زخمی و ده‌ها هزار مرگ ناشی از بیماری، رئیس‌جمهور میخاییل گورباچف دنبال راه خروج بود. کسی هنوز نمی‌دانست، ولی فروپاشی شوروی به راه افتاده بود.
ضیا پیش از منفجرشدن در آسمان در 26 فروردین 1367به معاهدۀ ژنو پیوسته بود، که به معنی خاتمۀ دخالت شوروی در افغانستان و بازگشت 150،000 سرباز شوروی در بهمن 1367 بود. 26 بهمن، پس از هفته‌ها کاهش تدریجی نیروها، آخرین سرباز شوروی از پل تِرمِذ و رود آمودریا گذشت، در جهت عکس دی 1358-بیرون از افغانستان و درون جمهوری ازبکستان شوروی.
پایگاه سازمان سیا در اسلام‌آباد به دفتر مرکزی پیام فرستاد: «پیروز شدیم!» در دفتر مرکزی شامپاین باز کردند. در سفارت آمریکا در پاکستان جشن گرفتند. سعودی‌ها هم خود را پیروز می‌دانستند. شامپاین باز نکردند، فقط در سکوت از انجام شدن کارشان خوشحال شدند. خمینی ناراضی بود. می‌خواست در آیندۀ افغانستان حرفی برای گفتن داشته باشد. دو روز پیش از خروج آخرین سرباز شوروی، تیتر روزنامۀ پان عرب الشرق الاوسط چنین بود: ایران مجاهدین را تهدید کرد و طرف شیعیان را گرفت. شیعیان تنها 15درصد جمعیت افغانستان بودند، ولی ایران در مذاکرات تشکیل دولتِ در تبعید و شورای مشاور در پیشاور خواستار سهم بیشتر برای شیعیان شد. ایران هم از گروه‌هایی از مجاهدین حمایت کرده بود، که بیشترشان هزاره‌های شیعه بودند، ولی چندان در مبارزه شرکت نکرده بودند. این نمایش مال عربستان بود و تلاش سعودی‌ها در گذر سال‌ها داشت نتیجه می‌داد، پول و سلاحی که به جیب مجاهدین وفادار افغان ریخته بودند. گروه‌های اسلام‌گرای افراطی سنی دست بالا را داشتند. گروه‌های تحت حمایت تهران مذاکرات را ترک کردند و ایران دست‌خالی ماند. خمینی بازهم کوتاه نیامد. روز پیش از گذر شوروی‌ها از پل خروجی افغانستان، دیروزِ پیروزی آرام عربستان، خمینی جنگی فرهنگی را آغاز کرد که عالم اسلام را تا دهه‌ها تحت‌الشعاع خود قرار داد.
روز ولنتاین 1989 (25 بهمن 1367)، درست قبل از اخبار ساعت 14، مجری خبر رادیو تهران پیام خمینی را قرائت کرد: «به اطلاع امت شریف اسلام می‌رسانم که نویسندۀ آیات شیطانی، که علیه اسلام، پیامبر و قرآن است، و تمامی کسانی که دستی در انتشار آن داشته و از محتویات آن آگاه بوده‌اند، به مرگ محکوم هستند. از تمام مسلمانان می‌خواهم که هرکجا آن‌ها را پیدا کردند اعدام کنند». خمینی افزود که هر مسلمانی که در این کار کشته شود شهید محسوب خواهد شد.
هرگز معلوم نخواهد شد که آیا خمینی این حرکت را با دقت زیرکانه‌ای طوری انتخاب کرد که روی تیتر عقب‌نشینی شوروی در 26 بهمن و پیروزی عربستان سایه بیندازد، یا فرصت را به‌محض رؤیت به دست گرفت. جالب این بود که خمینی کاری را تمام کرد که درواقع عربستان و دوستانش آغاز کرده بودند.
نویسندۀ آیات شیطانی، نویسندۀ هندی-انگلیسی، سلمان رشدی، جایزۀ مهم بوکر را در سال 1360 برنده‌شده بود. آیات شیطانی چهارمین کتاب او بود که در شهریور 1367منتشرشده و دربارۀ دو مهاجر مسلمان هندی بود که به انگلیس مهاجرت می‌کنند ولی هواپیمایشان گروگان گرفته و روی کانال انگلیس منفجر می‌شود. به زمین سقوط می‌کنند و به طرز معجزه‌آسایی به نماد زندۀ خیر و شر تبدیل می‌شوند. داستان این دو با داستان پیامبری به نام محنود در مکانی به نام جاهلیه گره زده می‌شود. رشدی کتاب را اثری دربارۀ «مهاجرت، دگردیسی، نفس دوپاره، عشق، مرگ، لندن و بمبئی» می‌دانست. مسلمانان آن را اشاره به پیامبرشان محمد و زنان او می‌دانستند، که نامشان بر فاحشه‌های کتاب گذاشته‌شده بود. فتوای خمینی به قتل رشدی در عرصۀ ادبیات و نشر مانند موج انفجار عمل کرد. همان شب، رشدی تحت محافظت پلیس قرار گرفت و مخفی شد. خمینی سخنگوی مسلمانانی شد که احساس تحقیر و سرکوب‌شدگی می‌کردند، حتی آن‌هایی که کتاب را نخوانده بودند. کتاب شش‌صدصفحه‌ای و دویست و پنجاه‌هزار کلمه‌ای می‌توانست شاهکار محسوب شود، ولی بسیار پیچیده بود. اما کسی در هند، وطن رشدی، با دقت آن را مطالعه کرد. و در کمتر از یک ماه پس از انتشار آیات شیطانی، در پاییز 1367، به دوستی در لستر انگلیس زنگ زده و گفته بود که کارزاری برای ممنوعیت کتاب در هند آغازشده و به او اصرار کرد که خواست خدا را در انگلیس هم اجرا کند.
در لستر، فیاض‌الدین احمد، جوان خوش‌رو، دست‌به‌کار شد، بخش‌هایی از کتاب را فتوکپی کرد و به سازمان‌های اسلامی و سفارت‌های 45 کشور مسلمان در بریتانیا فرستاد. احمد که تازه به انگلیس آمده بود، پیش‌تر در شرق پاکستان و عربستان در مقام سردبیر ارشد روزنامه‌ها کار کرده بود، و حالا در بنیاد اسلامی لستر، دفتر محلی جماعت اسلامی پاکستان، مشغول بود که از عربستان بودجه می‌گرفت. احمد، که با انجمن جهانی جوانان مسلمان هم در ارتباط بود، در اکتبر به جده رفت تا به اعضای سازمان همکاری‌های اسلامی گزارش دهد. در سفارت عربستان در لندن، دبیر بخش امور اسلامی، مغرم الغامدی، نقشی مهم در برپایی هیئت اقدام بریتانیا در امور اسلامی ایفا کرد تا علیه کتاب تبلیغ کنند و آن را ممنوع سازند. تنها چند کشور مسلمان به فراخوان پاسخ دادند. ولی با رسیدن دی‌ماه، مسلمانان بریتانیا اعتراض کردند و نسخه‌ای از کتاب را در حال تظاهرات در شهر کوچک بولتون به آتش کشیدند. رقابت دیوبندی‌ها و بَریلوی‌ها در شبه‌قارۀ هند در جامعۀ مسلمانان بریتانیا هم ادامه داشت، که رقابت در برگزاری بزرگ‌ترین تظاهرات را باعث شد. یک ماه بعد، دی‌ماه 1367، تظاهراتی بزرگ‌تر در بردفورد برگزار شد که فقط یک ساعت با بولتون فاصله داشت. موج خشم به شبه‌قاره برگشت. جماعت اسلامی برای اینکه کم نیاورد تظاهرات خود را در 23 بهمن در اسلام‌آباد برگزار کرد، که جمعیتی عظیم را جلوی مرکز فرهنگی آمریکا آورد. بیش از هشتاد نفر زخمی شدند و پنج نفر براثر شلیک گلوله کشته شدند. می‌گویند که خمینی آن شب داشت اخبار را نگاه می‌کرد و مرگ جوانان پاکستانی وی را به‌قدری تحت تأثیر قرار داد که فتوای خود را صادر کرد. کتاب به فارسی ترجمه شده بود و در تهران فروخته می‌شد-گویا به هیچ‌کس برنخورده بود تا اینکه خمینی اعتراض کرد.
عربستان نمی‌توانست بی‌خیال بایستد. از راه قانونی اقدام کردند. شیخ بن باز اعلام کرد که رشدی باید به‌صورت غیابی محاکمه شود تا ارتداد کتابش اثبات شود. شیخ جاد الحق، رئیس بالاترین مقام مذهبی مصر، الازهر، به فتوای خمینی اعتراض کرد. ولی آن‌ها طرف آزادی بیان و نوشتار نبودند، نه-نظر الازهر فقط این بود که هیچ‌کس را نمی‌توان پیش از محاکمۀ عادلانه برای تعیین ارتداد به اعدام محکوم کرد. در چنین مواردی حکم را فقط رئیس حکومت حق دارد بدهد.
رشدی محاکمه نشد، و از تهدیدها جان سالم به در برد. ولی مترجمان ژاپنی و ترکی کتاب او، و ناشر نسخۀ نروژی، همگی به خاطر همکاری با رشدی ترور شدند. بعضی آدم‌هایی هم که هیچ ربطی به رشدی نداشتند، از مصر تا پاکستان، ضربه خوردند یا زندگی‌شان به خاطر اتهام به ارتداد نابود شد. حکم قتل به خاطر ارتداد حالا به دلیل ماجرای عجیبی در رقابت ایران و عربستان برای رسیدن به علمداری اسلام جهانی، به جهان اسلام تزریق شد. ولی نقش عربستان در این ماجرا به فراموشی سپرده و فتوا علیه رشدی به ماجرایی منحصر به ایران تبدیل شد.
13 خرداد 1368، خمینی در هشتادوشش‌سالگی و بیماری براثر ایست قلبی درگذشت. در وصیت‌نامۀ خود تیر خداحافظی را به سعودی‌ها شلیک کرد. وصیت بیست و نه‌صفحه‌ای را علی خامنه‌ای، رئیس‌جمهور و رهبر آینده خواند: «مسلمانان باید بر مستکبرین لعنت بفرستند، ازجمله خانوادۀ سلطنتی عربستان، این خائنین به حرم مقدس خداوند، لعنت خدا و پیامبران و فرشتگان بر آن‌ها باد... ملک فهد ثروت هنگفت ملت‌ها را هرسال خرج باورهای ضد قرآنی بی‌اساس خرافی وهابیت می‌کند. از اسلام و قرآن کریم سوءاستفاده می‌کند».
مرگ خمینی درواقع راه را برای آشتی میان عربستان و ایران باز کرد. رئیس‌جمهور، علی خامنه‌ای، رهبر شد؛ رئیس مجلس، علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی، به ریاست جمهوری برگزیده شد. علی‌رغم بدگویی رفسنجانی از عربستان در بحران حج 1366، وی فردی عمل‌گرا بود و مشتاق بازسازی اقتصاد کشور پس از جنگ با عراق. در مرداد 1369، دشمن ایران، صدام حسین، کویت را اشغال و به عراق ضمیمه کرد؛ سربازانش لب مرز عربستان بودند. ایرانیان و سعودی‌ها ناگهان خود را در ترس از یک دیوانه متحد می‌دیدند. شهریورماه، وزرای خارجۀ دو کشور در نیویورک، در حاشیۀ مجمع عمومی سازمان ملل، با یکدیگر گفتگو کردند.
اشغال کویت تغییر ژئوپولتیک دیگری را در خاورمیانه رقم زد. رئیس‌جمهور آمریکا، جورج اچ دبلیو بوش، که مشغول جمع‌کردن بزرگ‌ترین اتحاد نظامی ممکن بود، آمادۀ دعوت بیشترین تعداد ممکن از کشورهای عرب شد، حتی سوریه. حافظ اسد مشارکت را پذیرفت. در ازای آن، در بده بستانی که هرگز به‌طور رسمی اعلام نشد، آمریکا از اشغال نواحی مسیحی‌نشین لبنان توسط سربازان سوریه در 21مهر 1369 چشم‌پوشی کرد.
تانک‌های سوری تفنگ‌های همه را خفه و حاکمیت سوریه را در این نواحی برپا کردند که هرگز تحت فرمان لبنان نیامده بود. سوریه چندین بار آنجا را اشغال کرده و بخش‌های مسلمان‌نشین کشور و غرب بیروت را در اختیار داشت. سازمان آزادی‌بخش فلسطین دیگر نبود؛ پناهندگان فلسطینی ولی هنوز بودند. مسیحی‌ها یکدیگر را قتل‌عام می‌کردند. اسرائیل هنوز بخش‌های زیادی از جنوب لبنان را تحت اشغال خود داشت. رشد حزب‌الله ادامه داشت، و تلاش بی‌رحمانه‌اش برای حذف رقبای فکری به بیروت رسیده بود، و جان نویسندگان و روزنامه‌نگاران مشهور را می‌گرفت. از مشهورترین آن‌ها حسین مروه بود که در بستر بیماری در خانه‌اش به ضرب گلوله کشته شد. حزب‌الله توان مقابله با قدرت فکر را نداشت. ولی منتقدان خاموش نمی‌شدند. هرگز خاموش نمانده‌اند. درست عین پاکستان، که ضیا مجبور بود مدام و بارها منتقدان را با خشونت سرکوب کند تا در قدرت بماند، حزب‌الله هم باید مدام مخالفانش سرکوب می‌کرد. تیرماه 1369، فقط چند ماه پیش از پایان رسمی جنگ در لبنان، هزاران نفر در صور تظاهرات کردند. شعار دادند: «حقیقت را می‌خواهیم بگوییم! ایرانی نمی‌خواهیم ببینیم!». روحانیان شیعۀ لبنان خواستار پایان «اشغالگری ایران» و خروج سپاه پاسداران شدند که پس از اشغالگری اسرائیل در سال 1361 به درۀ بقاع آمدند و هنوز حضور داشتند. ولی سپاه درواقع می‌توانست دیگر برود؛ حزب‌الله، شعبۀ محلی آن‌ها شکل‌گرفته بود. و آمریکا با دادن اجازه به اسد برای فرستادن سرباز به لبنان، ناخواسته راه را برای متحد او، ایران، باز کرد که در مدیترانه مستقر شود. موج سیاهی که از ایران می‌آمد سرِ عقب نشستن نداشت. موج سیاه دیگر، از عربستان، در امتداد نیل پیش می‌رفت.
